祁连山共有冰川面积1931平方千米，而69%的集中在河西内流水系。受气候变化影响，祁连山的冰川消融速度很快。中国科学院寒区旱区环境与工程研究所最新研究发现，1972年至2007年的35年间，祁连山的另外一个冰川聚集区冷龙岭冰川已有27条冰川消失，且退缩有加速趋势。

　　祁连山冰川大幅消融，2050年前基本消失，每年融化的冰雪约等于一个北京密云水库水量。

　　编辑本段气温变化据监测，祁连山区20世纪60年代到80年代之间，气温上升了0.1℃，到了90年代，气温比60年代上升了0.76℃。气温在90年代后大幅升高，2000年到2005年的气温与60年代相比，升高了1.17℃。