琼毛雍仲彭措林寺（简称琼毛寺），坐落在青海省贵德县河西镇镇南十三公里的瓦家村，是安多地区历史最为久远的本教古刹之一。
这座古寺的创建者，是索僧东巴益喜坚赞。他于藏历第五绕迥水虎年（1302年），诞生在西藏那曲地区索县格谢村的一个显贵名门之家。自幼善良聪颖，广具菩提善心，遂剃度出家。至本教“支”之传承道场，即约如宛萨卡寺，依止约如后藏十八贤哲之一的亲教师离边索朗坚赞为根本上师，虔心苦修本教的所有传承教法和仪轨，证得教理而成为当时僧俗信众所仰慕依止的贤哲。尔后，由离边索朗坚赞、绒贡坚赞奥赛、巴东华丹桑布和辛杰智巴奥赛四尊者，严格依照本教义理教规，将这位贤哲确认为鲁主益西宁布的意之化身。
经上师离边索朗坚赞指明其化机在安多地区时，遂携其兄长及众随从至安多北方的阿嘎达戎之地，向众有缘信众灌顶传授本教法门，加被本教寺院和修行道场，促使教法昌盛而誉满四方。斯时，贵德县河西镇当车地区七大迦部落，即夏迦、纳迦、索迦、尕迦、鲁迦和卫迦众部落之邀请，索僧东巴益喜坚赞尊者受邀至该地，广弘大乘道雍仲本教法门。众信徒得闻贤哲之德行，纷纷从四面八方汇聚而来，依止尊者闻思修习本教诸法门。有一次，驮有本教三所依的一头骡子在当车地区，犹如肩胛骨地望之处卧地不起。顷刻间，尊者心萌各种祥瑞之兆，缘起天成，便想在此处修建一座广弘本教法门的寺院。遂在藏历铁兔年（1351年），即尊者年逾50之际，在这一地望处，破土修建了三层阁楼式经堂，奠定了寺院的基础。当时，内供塑像有三世佛、八大如来菩萨、德拉护法神尊和玛赞护法神，以及显密各本尊的壁画等本教经、像、塔等诸多三所依。以这一经堂为据点，大力弘扬讲修之法，教法事业如日中天，惠及六道众生。由此后人将索僧东巴益喜坚赞尊者誉为本教的第二佛陀。
由于1966年的时政大动荡，寺院内的众多塑像和大量经书遭到毁灭性破坏。党的宗教信仰自由政策贯彻落实后，1983年在上级部门的批准下，琼毛雍仲彭措林寺又对众僧信徒开放。在县统战部、宗教管理局的领导布署下设立了寺管会，对寺院旧址的重建和翻修起到了监督作用，特别是在大量信教徒众出资、出力下，当年便建成了三层阁楼式大经堂，经堂内供有三世佛、八如来菩萨、显密本尊间唐和一百多部本教大藏经等众多所依。
1989年在广大僧俗群众的祈愿和要求下，经上级部门批准，对琼毛寺二十三世仁波切多旦旺秀举行了坐床仪式。第二十三世琼毛多旦旺秀仁波切于1966年出生在青海省共和县恰卜恰镇吉东村。1982年以优异成绩毕业于青海省海南州民族师范专科学校，并分配到基层担任小学教师。两年后辞职经商，先后走遍西藏、四川以及内地各省市，并将经商所得的利润全部用于寺院修缮、建塔塑佛、扶贫济困、资助教育等方面，从而赢得了广大僧俗群众的称赞。
琼毛寺历史悠久，但却在文革中毁于一旦。1983年寺院开放后，信教群众虽自筹资金重建一所小型经堂，但因该经堂修建时资金不足，加之质量问题，经堂四壁严重裂缝，地基明显下陷，时时危及僧人的安全。鉴此，琼毛仁波切多方奔走，筹集135万元资金，于2000年建成了一座钢筋混凝土结构的气势宏伟的四层阁楼式大经堂，并在经堂各大殿内供奉了众多佛像、唐卡、间唐以及大量本教经典。为了满足广大信教群众求神拜佛的愿望，他先后自筹57万元在琼毛寺以及共和县东嘎寺、同仁县、当车等地修建了21座大小佛塔和500多个转经轮。同时，在琼毛寺内新增三个扎仓，即外明扎仓、内明扎仓和密修扎仓，传承教授本教大小五明学科，学修僧众多达100多人。
